Кончивши это второе дело свое, дело сосредоточения земли, династия Рюрика сходит со сцены. Царь Феодор не мог сам управлять государством; явился правитель, который вследствие произведенного прежними государями сосредоточения власти и ослабления могущества вельможных родов мог легко, опираясь на свои близкие отношения к царю, осилить всех своих соперников. Достигнув первенства, Годунов должен был подумать о будущем, и будущее это было для него страшно, тем страшнее, чем выше было его положение настоящее: у Феодора не было сына, при котором бы Годунов, как дядя, мог надеяться сохранить прежнее значение, по крайней мере прежнюю честь; преемником бездетного Феодора долженствовал быть брат его, Димитрий, удаленный в Углич при воцарении старшего брата, удаленный «советом всех начальнейших российских вельмож». Димитрий рос при матери и ее родственниках, Нагих; понятно, какие чувства эти опальные Нагие питали к людям, подвергнувшим их опале, с какими чувствами дожидались прекращения своих бедствий, своего изгнания, в каких чувствах к Годунову и к людям ему близким воспитывали ребенка, который не умел скрывать этих чувств. За будущее должен был бояться не один Годунов, за будущее должны были бояться все те люди, которые были обязаны выгодами положения своего Годунову и лишались всего с его падением, а таких людей было очень много; наконец, за будущее должны были бояться те люди, которых судьба хотя и не была тесно соединена с судьбою Годунова, но по совету которых Димитрий подвергся изгнанию, а к этим людям принадлежали все начальнейшие российские вельможи. И вот в мае 1591 года разнеслась по государству весть, что царевича Димитрия в Угличе не стало, и понесся слух, что погиб он насильственною смертию, от убийц, подосланных Годуновым. Летописцы так рассказывают подробности события.
Сначала хотели отравить Димитрия: давали ему яд в пище и питье, но понапрасну. Тогда Борис призвал родственников своих, Годуновых, людей близких, окольничего Клешнина и других, и объявил им, что отравой действовать нельзя, надобно употребить другие средства.