Если же кто молвит, что есть слухи, будто зажигали люди Годуновых, то отвечать: это какой-нибудь вор бездельник сказывал; лихому человеку воля затевать. Годуновы бояре именитые, великие». Пришел хан Казы-Гирей под Москву, и по Украйне понесся слух, что подвел его Борис Годунов, боясь земли за убийство царевича Димитрия; ходил этот слух между простыми людьми; алексинский сын боярский донес на своего крестьянина; крестьянина взяли и пытали в Москве; он оговорил многое множество людей; послали сыскивать по городам, много людей перехватали и пытали, кровь неповинную проливали, много людей с пыток померло, иных казнили и языки резали, иных по темницам поморили, и много мест от того запустело.
Через год после углицкого происшествия у царя родилась дочь Феодосия, но в следующем году ребенок умер; Феодор был долго печален, и в Москве был плач большой; к Ирине патриарх Иов писал утешительное послание, говорил, что она может помочь горю не слезами, не бесполезным изнурением тела, но молитвою, упованием, по вере даст бог чадородие, и приводил в пример св. Анну. В Москве плакало и говорили, что царскую дочь уморил Борис.
Через пять лет по смерти дочери, в самом конце 1597 года, царь Феодор занемог смертельною болезнию и 7 января 1598 года, в час утра, скончался. Мужеское племя Калиты пресеклось; оставалась одна женщина, дочь несчастного двоюродного брата Иоаннова, Владимира Андреевича, вдова титулярного ливонского короля Магнуса, Марфа (Марья) Владимировна, возвратившаяся по смерти мужа в Россию, но и она была мертва для света, была монахинею; пострижение ее, говорят, было невольное; у ней была дочь Евдокия; но и та умерла еще в детстве, говорят, также смертию неестественною. Оставался еще человек, который не только носил название царя и великого князя, но и действительно царствовал одно время в Москве по воле Грозного, крещеный касимовский хан, Симеон Бекбулатович. В начале царствования Феодора он еще упоминается в разрядах под именем царя тверского и первенствует пред боярами; но потом летопись говорит, что его свели в село Кушалино, дворовых людей было у него не много, жил он в скудости; наконец он ослеп, и в этом несчастий летопись прямо обвиняет Годунова. Не пощадили Годунова и от обвинения в смерти самого царя Феодора.