Фактически в XIII в. было признано, что епископов выбирает капитул с разрешения и одобрения короля, а затем их утверждает соответствующий архиепископ. Кандидатура последнего утверждалась папой, но короли продолжали вмешиваться в дела выборов архиепископов, чему примером являются два случая, имевшие место в Толедо в 1308 и 1335 гг., при Фернандо IV и Альфонсе XI. Теоретически один из законов «Партид» (закон 5, титул 5, ч. I) признает неотъемлемым правом папы возводить в сан и низлагать епископов пои условии, что подобные акты «принесут пользу стране или будут совершены по просьбе короля». И действительно, в конце XII в. в Испании практикуются прямые назначения епископов папой. В XIV в. уже становится общим правилом утверждение епископов папой (а не архиепископом) и имеют место прямые назначения епископов, хотя случаи эти отмечаются в Кастилии реже, чем в Арагоне. В XIV в. в Кастилии было три архиепископства и 24 епископства.
Короли пользовались правом смещать или изгонять епископов, если последние действовали вопреки интересам или намерениям монарха. Короли сохранили также право запрещать опубликование папских булл, если таковые могли нанести ущерб государству; так поступали Санчо IV, Фернандо IV, Альфонс XI и другие, особенно же часто к подобным мерам прибегал Хуан II. Они также сопротивлялись установлению церковной юрисдикции и стремились укрепить королевскую власть с тем, чтобы обеспечить успешное отправление судопроизводства по уголовным и гражданским делам. Для этого был создан институт «обращения к силе» (recursos de fuerza) или апелляций к королю, который применялся, когда церковные трибуналы, желая расследовать какое-либо дело тайным и незаконным образом, препятствовали действиям королевских судей или же учиняли притеснения и насилия. Первой апелляцией подобного рода было обращение к королю приходских священников Авилы с жалобой на епископа и каноников (1258 г.).