Возникал вопрос и о ее сыновьях—Карле и Фердинанде. Карл воспитывался в Нидерландах (почему его обычно и называли Карлом Гентским, по имени города, где он родился, а также Люксембургским, по одному из владений его отца, или же Австрийским, так как Филипп был эрцгерцогом Австрийским, а Фердинанд воспитывался в Испании). Предполагалось, что король Фердинанд желал оставить второму внуку Испанию и королевство обеих Сицилии, учитывая, что Карл унаследует империю и бургундские владения и новое королевство, которое он намерен был создать для своего старшего внука в Италии. Но все эти предположения оказались неосновательными: Повидимому, сперва речь шла о том, чтобы создать для принца Фердинанда подобие вице-королевства в Испании (предполагая, что его брат Карл, поглощенный имперскими заботами, будет редко посещать эту страну) и передать ему пост магистра духовно-рыцарских орденов—звание, которое, как известно, сохранил за собой король Арагона. Но в конце концов дела приняли иной оборот, и в своем завещании Фердинанд отдал дань первородству.
Карл унаследовал королевства Арагон и Наварру и регентство Кастилии до смерти матери—Хуаны, хотя ему еще не исполнилось в этот момент двадцати лет, а следовательно, он не имел еще права, в соответствии с завещанием Изабеллы, принять на себя регентство. До его приезда в Испанию регентом Кастилии оставался кардинал Сиснерос, а регентом Арагона—архиепископ Сарагосы Альфонс Арагонский, незаконный сын короля Фердинанда. Со своей стороны, Карл пожелал, чтобы регентство предоставили его наставнику—декану Лувена Адриану. В связи с этим возникли осложнения, которые разрешены были следующим образом: Сиснерос сохранял титул регента, а Адриан получил пост посланника короля и соправителя Сиснероса. Карл этим не удовольствовался и потребовал, чтобы его признали и объявили королем Кастилии,—требование, несомненно, незаконное, так как была еще жива его мать. Сиснерос хотя и неохотно, но сломил сопротивление кортесов и заставил их объявить Карла королем. Этим он желал, учитывая настойчивый характер принца, избежать неминуемых конфликтов и смут.