Судьба мусульман в других областях полуострова была столь же тяжелой. Начиная с 1501 г., т. е. еще при жизни Изабеллы, которая весьма ревностно преследовала мудёхаров, рядом указов на них наложили те же ограничения, что и на морисков Гранады, запретив им общаться между собой, а «мудёхарам королевств Кастилии, Арагона, Каталонии и Валенсии» — приезжать на территорию Гранады. Наконец, 11 февраля 1502 г. предписано было изгнать всех мудёхаров; мера эта не была, однако, приведена в исполнение. В свою очередь, мудёхары Кастилии под давлением силы вынуждены были перейти в христианство; в лучшем положении оказались мудёхары Арагона, которым Фердинанд пожаловал ряд привилегий по просьбе сеньоров. Заступничество последних объясняется тем, что в случае изгнания мудёхаров феодалы теряли трудолюбивых и платежеспособных вассалов. Но еще в 1495 г. кортесы Тортосы вырвали у короля обещание, что он не будет изгонять мудёхаров Каталонии. После указа 1502 г. кортесы в Барселоне (1503 г.) и в Монсоне (1510 г.) добились подобных же заверений от короля, который обещал, что мудёхаров не будут крестить насильно, причем им гарантировалось свободное общение с христианами. В связи с этим Фердинанд (по просьбе герцога и герцогини Кардона, графа Рибагорсы и других знатных лиц) предписал арагонской инквизиции воздержаться от насильственного обращения мавров в христианство (грамота от 5 октября 1508 г.), обращенных же мудёхаров король запретил отделять от их семей. Однако он разрешил проповеди в мавританских кварталах, которые читались с целью обращения мудёхаров в христиан.
Исключение составляли мавры Теруэля и Альбаррасина, которых крестили массовым порядком. В 1502 г. Фердинанд запретил постройку новых мечетей и приказал разрушить те из них, которые были построены в обход этого постановления, что и случилось в Валенсии в 1514 г.
Мудёхары Наварры, ввиду того, что это королевство входило в состав Кастилии, а не Арагона, подпали под действие указа 1502 г. Большинство из них, повидимому, предпочло эмигрировать во Францию.