Правда короли отозвали Бобадилью, а Колумбу дали письменно и устно полное удовлетворение и организовали его третье путешествие. Но они настояли на назначении собственных чиновников, заменив Бобадилью Николасом де Овандо, хотя и оставили на Эспаньоле представителя Колумба и приказали возместить ему и его братьям все то, что у них было незаконно отнято. 18 июня 1504 г. снова были подтверждены права Колумба и было приказано передать Колумбу десятую часть полученного золота, которая причиталась ему по договору.
Хотя управление новооткрытыми землями и не было вновь передано Христофору Колумбу, Фердинанд воздержался от полного разрыва с фамилией адмирала. Вскоре после смерти Колумба (2 июня 1506 г.) король отправил Овандо грамоту, в которой приказал передать Диего Колумбу3 (которому присваивалось звание адмирала) «или лицу, каковое на то будет уполномочено им, все золото и иные ценности, причитающиеся отцу упомянутого дона Диего как в прошлом, так и в будущем». В 1508 г. король приказал представить ему сведения, которые позволили бы точно определить права Колумба и права короны в американских владениях. В том же году благодаря стараниям герцога Альбы на одной из племянниц которого был женат Диего Колумб, этот последний был назначен правителем и утвержден во всех правах, признанных за его отцом по договору вСанта-Фе (указ, данный в Севилье 10 февраля 1509 г.). Однако это пожалование носило временный характер — «пока на то будет моя милость и моя воля». Оно сохраняло силу всего два года.
Корона продолжала принимать меры для организации системы управле ния новыми колониями и укрепления торговых связей с метрополией. Созданы были муниципии с соответствующими должностными лицами и аудиенсия на острове Эспаньоле с судьями по разбору апелляций, которые назначались королем; назначен был особый правитель на Пуэрто-Рико (14 августа 1509 г.), хотя спустя некоторое время (25 июля 1511 г.) в другой грамоте Диего Колумб был назван правителем «Эспаньолы и других островов и материковой земли, .открытых его отцом». В общем король стремился к укреплению своих прав и своей власти в заморских владениях.