Таможенная система препятствовала развитию внешней торговли, но сохранялись еще старые международные торговые связи, о масштабе которых свидетельствуют таможенные документы Бискайи и Гипускоа (в порты этих областей заходили главным образом английские и фламандские мореплаватели и купцы) и материалы деятельности бирж в зарубежных странах, содержащие сведения о кастильских торговых агентах и консулах в Лондоне, Нанте, Ларошели, Флоренции и в главных торговых центрах Фландрии. Со своей стороны, и множество иностранцев приезжало в Испанию, основывая торговые дома, банки и т. п.; наплыв их особенно усилился после изгнания евреев, когда сильно поредело купеческое сословие в Кастилии и арагонском королевстве. Особенно много было в стране немцев и итальянцев (прежде всего — генуэзцев), которые оседали на восточных берегах Испании (в Барселоне, Валенсии, Аликанте) и в Андалусии. Появилось также много французов, которым Фердинанд в последние годы жизни оказывал покровительство. Не было недостатка в жалобах на это вторжение иностранцев, которое вызывало прежде всего отток за границу драгоценных металлов. Поэтому в 1499 и 1515 гг. были приняты законы, запрещавшие иностранцам быть менялами и заниматься торговлей предметами первой необходимости; банкирам надлежало раз в четыре месяца представлять для проверки свои книги, во избежание вывоза денег за пределы страны. Кортесы в 1516 г. просили также запретить иностранцам заниматься торговой деятельностью в Испании на один год; но король отверг эту петицию, считая, что подобная деятельность отвечает интересам испанской экономики.
Для облегчения межобластных торговых сделок была вновь предпринята попытка (в соответствии с подобными же мероприятиями Альфонса XI) упорядочить систему мер и весов (грамота 1496 г.). Следует отметить, что корона стремилась осуществить лишь частичные реформы, так как полностью унифицировать разнообразные единицы меры и веса не представлялось возможным. Были учреждены также торговые консульства в Бургосе (в 1493 г.) и Бильбао (в 1511 г.); предполагалось сделать судоходным реку Тахо на всем ее протяжении от Толедо до устья.