Экспедиция продолжала двигаться дальше, посетив на своем пути другие острова Филиппинской группы, затем Борнео и Молуккские острова, где корабли были нагружены колониальными товарами.
Из трех кораблей, прошедших пролив Магеллана, только одно судно «Виктория», находившееся под командой баска Себастиана де Элькано, смогло в конце декабря 1521 г. продолжить свое плавание. Посетив Буру и Тимор, «Виктория» направилась в южную часть Индийского океана, обогнула мыс Доброй Надежды и взяла курс на север. 6 сентября 1522 г. «Виктория» .прибыла в Санлукар (Севилья), закончив свое кругосветное путешествие, длившееся три года. Король очень хорошо принял участников экспедиции Магеллана. Элькано он присвоил герб, на котором был изображен земной шар с надписью «Primus circumdedisti те».
В 1525 г. Элькано вместе с Лоайса совершил новую экспедицию, окончившуюся очень неудачно. До Тимора дошел только один корабль. Испанцы решили превратить этот остров в центр торговли колониальными товарами, в которой они хотели конкурировать с португальцами. Год спустя аналогичную экспедицию предпринял Себастиан Кабот (или Каботто)—мореплаватель, состоявший на службе у Карла. Она также закончилась неудачно, путешественники достигли лишь реки Ла Платы.
Португальцы с неудовольствием следили за экспедицией Магеллана и хотя формально и не препятствовали ей, но зато приложили все усилия к тому, чтобы затянуть возвращение в Испанию тех спутников Элькано, которые остались на Тиморе в 1521 г. Португальцы считали себя монополистами в деле освоения этого района и, вопреки Магеллану, включили Молуккские острова в свою сферу.
Для мирного урегулирования этого вопроса короли Испании и Португалии назначили смешанную комиссию, которая после нескольких совещаний, так и не придя ни к какому решению, прекратила свое существование. В самом деле невозможно было достигнуть соглашения при той неясности, которая существовала в определении долготы и широты, и при разногласиях, обнаружившихся с первого же дня, по вопросу о разделе сфер влияния.