Впрочем, существовали и энкомьенды, основанные на рабской зависимости индейцев, несмотря на то, что в 1606 г. они были запрещены по области Ла Плата королевским инспектором Альфаро. Грамотой от 15 февраля 1528 г., повторившей соответствующую грамоту 1512 г., было ограничено количество индейцев, проживающих в каждой энкомьенде, с целью избежать злоупотреблений; а распоряжение от 10 октября 1618 г. предписало сократить количество самих энкомьенд до определенного числа, причем были уничтожены как мелкие энкомьенды в каждой области (Парагвай, Санта Фе, Буэнос-Айрес и т. д.), так и слишком обширные.
В изучаемый период королями нередко жаловались новые энкомьенды, например в Перу—грамота от 8 марта 1533 г.; в Гватемале—распоряжение от 20 февраля 1534 г.; в Мексике, в Ла Плате. Кроме того, приказано было соблюдать условия энкомьенд, дарованных ранее (грамота от 25 октября 1523 г.), запрещалось покидать их без предварительного судебного решения (распоряжение от 30 марта 1536 г.), причем признавалось право передачи их по наследству (приведенный выше документ), но запрещались продажа, отказ, передача в другие руки, обмен и другие действия, из которых проистекало немало зла (различные законы начиная с 1540 г. и до царствования Карла II). Однако в этом вопросе было немало колебаний. В инструкциях 1523 г., относящихся к Мексике, были решительно запрещены новые эн-комьенды и отменены пожалованные ранее, что являлось следствием петиции кортесов того же года, направленной против энкомьенд; в общем уставе 1542 г. речь шла об уничтожении или отмене всех репартимьенто; однако грамота 1545 г. восстанавливала старый обычай, санкционированный снова законом от 1 апреля 1580 г., который был вызван серьезными беспорядками в Перу и случаями неповиновения в других областях.
Наконец, к злоупотреблениям привело также разрешение использовать индейцев на работе в рудниках, посылать их на общественные работы и т. д.; на рудниках, принадлежавших королю, эта повинность была обязательна, она называлась мита (mita), откуда прозвище индейцев митайос (mitayos); па других рудниках труд индейцев ограничивался известными условиями или оплачивался.