Правда, в первые годы царствования Филиппа II, совпавшие с личным возвышением Руй Гомеса де Сильвы, по инициативе последнего был образован особый государственный совет, в который входили Руй Гомес, Гранвела, герцог де Фериа, Антонио де Толедо, Бернардино де Мендоса—опытный политик и Хуан Манрике де Лара—эксперт по вопросам дипломатии. Но этот новый орган не укоренился; он просуществовал недолго, и функции его перешли к отдельным фаворитам, к секретарям или к таким влиятельным людям, как Гальсеран Альбанель, Мария де Агреда и другие, которые, стоя в стороне от политики или не занимая определенного положения при дворе, обращались—обычно безрезультатно—-непосредственно к королям.
Напротив, значение старинного королевского совета, реорганизованного католическими королями, и специальных советов, как существовавших еще в конце XV в., так и новых, все возрастало. Они превратились в центральный .аппарат управления, влияние которого продолжало расширяться, не преступая рамок, допускаемых монархическим режимом. В королевский совет часто входили упомянутые выше личные советники, о чем мы мимоходом говорили, описывая споры, разгоревшиеся по вопросу о Фландрии.
Организация королевского совета оставалась неизменной со времен католических королей вплоть до 1586 г. В 1586 г. Филипп II изменил его структуру, установив следующий состав: президент или правитель и шестнадцать правоведов, то есть увеличил число членов совета. Позже Филипп III ввел новое изменение (1608 г.), разделив совет на четыре палаты, названные палатой управления, судебной палатой, палатой тысячи пятисот и палатой провинций. Новая реформа, проведенная при Карле II (1691 г.), ограничилась увеличением числа оидоров—правоведов—до двадцати и введением в совет прокурора, должность которого существовала и раньше.
Четыре палаты, как и совет, существовавший до 1608 г., имели смешанные функции, что всегда было характерно для совета, являвшегося одновременно совещательным органом в области административной и политический (с известными исполнительными правами, о которых мы будем говорить особо) и судебным трибуналом.