В Гондурасе был другой правитель. Область Гватемала, считавшаяся королевством, с давних пор управлялась аудиенсией и правителем генерал-капитаном. Коста-Рика в середине XVI в. стала непосредственно подчиняться короне, а до того управлялась главным алькальдом, в ведении которого находилась также Новая Картахена. Перу, где первоначально правителем был Писарро, начиная с 1544 г. управлялась вице-королем и аудиенсией. Новая Транада в 1653 г. отделилась от Перу, сохранив свою аудиенсию. Область Кито, завоеванная в 1531 г., с 1564 г. стала непосредственно подчиняться короне. Чили, в капитуляции, заключенной в 1534 г.. называвшаяся (вместе с провинциями, которые Альмагро разрешалось завоевать) Новым королевством Толедским, имела собственного правителя (хотя и зависимого от перуанского вице-короля), утвержденного Ла Гаской, а с 1567 г. также и аудиенсию. В областях Ла Платы, как мы видели, существовали различные формы управления, но вице-королевства в этот период там не было. Куба в начале XVII в. была разделена на две области (Гавана и Сантьяго), которые находились под управлением одного генерал-капитана.
Власть вице-королей была чрезвычайно велика. Как непосредственные представители короля они пользовались особым почетом. Основной ко-ролевский указ, касающийся их, говорит, что «во всех случаях и делах они должны действовать по своему усмотрению, расследовать, что подобает, и постановлять все, что мы сами могли бы постановить, какого, бы свойства и порядка ни были эти дела; подведомственные им провинции должны управляться так, как если бы управлялись нашей особой, во всем, что не было оговорено специальным запрещением». Поэтому вице-короли являлись одновременно правителями, генерал-капитанами и президентами аудиенсий, и только в том случае, если они были несведущи в вопросах права, функции эти разделялись. Так было с первым мексиканским вице-королем Антонио де Мендоса. Король распорядился, чтобы он не имел права голоса в судебных делах, поступавших в аудиенсию, которая, однако, обязана была советоваться с вице-королем по делам, касавшимся управления. Споры по вопросам компетенции между аудиенсиями и вице-королем были постоянным явлением и давали повод для серьезных конфликтов.