В 415 г., когда стало известно о движении афинян в сторону Сицилии, он выступил с призывом к организации энергичного отпора и, очевидно, уже тогда предложил ряд мер, направленных к ограничению «своеволия» масс и к установлению последовательной военной централизации, чем, по-видимому, и навлек на себя подозрение в стремлении к олигархическому перевороту. Тем не менее осенью 415 г., когда угроза вражеской блокады стала очевидной, община прислушалась к советам Гер-мократа и, следуя его рекомендациям, пошла на учреждение чрезвычайной военной власти — трех стратегов-автократоров, одним из которых стал сам Гермократ.
Впрочем, служебный год тогда уже подходил к концу, и, чтобы новые стратеги могли справиться с возложенными на них задачами, весной следующего, 414 г., когда происходили обычные выборы должностных лиц, недавно назначенные стратеги-автократоры были переизбраны на новый срок. Гермократ и его коллеги развернули энергичную подготовку к новой борьбе, как дипломатическую, так и военную (сооружение укреплений, создание отряда из 600 отборных воинов — Thuc, VI, 75, 1; 96). Тем не менее в следующую кампанию летом 414 г. новые стратеги не сумели помешать афинянам высадиться, захватить Эпиполы и начать блокаду города и потому были отрешены от должности.
Это смещение не положило конец военной и политической карьере Гермократа; в конце концов в неудачах первой половины кампании 414 г. он лично был повинен менее всего. Поэтому, хотя в последующем ему, по-видимому, и не удавалось добиться вновь столь высокого назначения, как осенью 415 г., все же он продолжал активно участвовать в разработке планов и оказывал существенное влияние на руководство войной. Весной 413 г. он вместе с Гилиппом убеждает сиракузян обратиться к активным действиям на море. Несколько позже, командуя отрядом из 600 отборных воинов, он отличился при защите Эпипол. Наконец, предпринятая им военная хитрость задержала окончательное отступление афинян и тем сильно содействовала их поражению и победе сиракузян.