Первая серьезная неудача постигла Фридриха под стенами новой крепости Алессандрии, воздвигнутой Лигой. Затем 29 мая 1176 г. городское рыцарско-пополанское ополчение обрушилось на императорский лагерь близ Леньяно. Победа была сокрушительной, Фридрих еле ускакал, оставив свой меч и знамя в виде трофеев ломбардцам. Без войска и без денег императору пришлось согласиться на унизительное соглашение, лишавшее его плодов прежних походов и скрепленное Венецианским конгрессом в 1177 г. Спустя ровно 100 лет после Каноссы германский император снова смиренно целовал папскую туфлю. Новостью было, однако, присутствие на конгрессе представителей городов в качестве суверенного политического участника переговоров. В 1183 г. по Констанцскому миру Фридрих I торжественно признал коммунальные свободы.
Третий и главный этап борьбы, связавший в один узел интересы пап, Фридриха II Гогенштауфена и городов, изобиловал не менее яркими перипетиями, но оказался еще более длительным, упорным и кровавым. Сыше 30 лет, почти не отвлекаясь на Германию и на Восток, уверенно опираясь на полуарабскую Сицилию и феодальный Юг, Фридрих II с энергией и изворотливостью, предвещающими дипломатию Возрождения, пытался покорить северные города и осуществить планы своего деда. Порой он был, казалось, близок к этому: социальная обстановка усложнилась по сравнению с XII в., среди городов ослабло единодушие, императора поддерживало самое сильное государство Северной Италии — веронская тирания Эццелино да Романе Неожиданная смерть Фридриха II в 1250 г. оборвала борьбу. Последовавшие затем поражения и гибель его преемников Манфреда и Конрадина послужили кратким эпилогом. На полвека Италия избавилась от императорских вторжений (немецкая угроза сменилась французской, исходящей из Неаполя от «анжуйцев» Карла I или Роберта I). В XIV в. походы Генриха VII и Людвига Баварского уже похожи на последние запоздалые вспышки. К середине XIV в. Священная империя покинула итальянскую политическую сцену, а распри гвельфов и гибеллинов потеряли значение.
Если рассмотреть столкновение Империи и папства в масштабе трех столетий, то станет очевидным, что, хотя чаши весов постоянно колебались, Империя потерпела поражение.