В первой половине XIII в., когда центральная власть была сильной, а полный разрыв с папством на протяжении большей части царствования Фридриха II давал ему возможность не считаться с требованиями пап в отношении сицилийского духовенства, такая политика не могла не быть успешной.
Землевладение церкви, выросшее в норманский период и особенно во время опекунства Иннокентия III, резко сократилось в результате мероприятий, имевших своей целью возврат короне земель и привилегий. Эти меры затронули церковь еще сильнее, чем светских феодалов. Церковь утратила право приобретать или получать в дар как феоды, так и земли, свободные от феодальных служб (исключение составляли владения, полученные по завещанию, которые ей, однако, разрешалось держать лишь в течение года)., Поясняя эту меру в письме папе, который жаловался на конфискацию некоторых земель у госпитальеров и тамплиеров, Фридрих заявил: «И это было постановлено издаина потому, что если бы им [госпитальерам и тамплиерам] было разрешено свободно и на вечные времена покупать или принимать земли на правах частной собственности, они бы в короткий срок... скупили и приобрели все Сицилийское королевство». Монте Кассино и другие монастыри и церкви лишились права высшей юрисдикции. Клирики по всем вопросам, кроме церковных, отвечали перед государственным судом. Фридрих давал церкви только привилегии, не нарушавшие целостности государства.
Даже в период мирных отношений с папством Фридрих II влиял на выборы епископов. В 1239—1250 гг., во время яростной борьбы с римской курией, епископы, аббаты и клирики, являвшиеся сторонниками папы, арестовывались или изгонялись из королевства; бы\ создан епископат, полностью изолированный от Рима.
И все же в Сицилийском королевстве не наблюдалось привычной для западноевропейских государств периода их централизации расстановки классовых сил — опоры королевской власти на рыцарство, города и церковь: здесь не произошло сближения центральной власти с городами.