Южноитальянские города не втянулись во внутреннюю торговлю; их экономика оставалась тесно связана с внешней торговлей — вывозом зерна и других сельскохозяйственных продуктов. Между тем прочное единство страны возможно лишь на основе развития внутренних экономических сношений. Постепенно горожане оттеснялись и от внешней торговли: норманские короли предоставляли широкую возможность вывоза товаров из Сицилийского королевства купцам Венеции, Генуи и Пизы, а при Фридрихе II внешняя торговля в значительной мере находилась в руках государства. Невысокий уровень развития ремесла обусловил слабость слоя ремесленников. Таким образом, города, больше заинтересованные в сохранении собственных вольностей и привилегий, чем в укреплении единого централизованного государства, недовольные привлечением к внешней торговле чужеземных купцов и высокими налогами, не оказывали поддержки королевской власти.
Продолжая и в своей политике по отношению к городам традиции норманской династии, Фридрих тоже действовал гораздо более решительно и непримиримо: экономические привилегии городов шли вразрез с его торговой и фискальной политикой, а сохранившиеся в некотором объеме политические права были несовместимы с существованием сильного государства. В 1240 г., отдавая приказ об осаде непокорного Беневенто, он пишет: «Жители Беневенто более думают о себе и собственном благе, чем об удовлетворении [желаний] нашего Величества. Вследствие этого мы хотим, чтобы все находящиеся внутри [города] до тех пор иссушались муками голода, пока этот жестокий голод и недостаток всего необходимого не принудят их научиться повиновению нашим приказам».
Уже в Капуанские ассизы был включен приказ, запрещавший городу иметь самоуправление. Главу города назначает камерарий, суд передается в руки юстициариев и королевских судей и должен вестись по нормам государственного права. Мельфийские конституции 1231 г. вновь предписывают, чтобы все должностные лица в городе назначались королем (или его представителями). «Если же в дальнейшем какая-либо [городская] община [сама] поставит таковых, она будет разрушена навеки и все жители этого города будут навсегда превращены в крепостных». Лишь Неаполь, Салерно и Мессина сохранили остатки былых вольностей.