Так на Юге и в других частях Италии стал закипать грандиозный крестьянский мятеж (порожденный в основе своей социальными причинами и устремлениями), который, будучи использован крайней реакцией, возглавившей санфедистское движение, стал одной из причин крушения республиканских порядков в Италии.
Вторжение армий антифранцузской коалиции в Италию. Контрреволюция и падение итальянских республикпублику, приняли неблагоприятный для французов оборот, особенно после того, как фельдмаршал Суворов, прибывший в Северную Италию, возглавил объединенные русско-австрийские войска. В конце апреля после поражения в бою у реки Адда, французы оставили Милан и Ломбардию. Цизальпинская республика перестала существовать. Многие республиканцы сражались вместе с французами в составе цизальпинских военных отрядов; тысячи других были арестованы и подверглись репрессиям со стороны австрийских властей, восстановленных на захваченных территориях. В мае русско-австрийские войска оттеснили неприятеля в Пьемонт, и 26 мая Суворов захватил Турин, где, несмотря на противодействие австрийцев, зарившихся на пьемонтские владения, восстановил королевскую власть. После решающего сражения у реки Треббия (17—20 июня), где Суворов разбил французскую армию генерала Макдональда, французы лишились всей Северной Италии, а затем и Тосканы. Под контролем французской армии осталась только часть Лигурийской республики с Генуей.
Наступление русско-австрийских войск сопровождалось почти всеобщим восстанием населения городов и деревень, которое изнемогало от грабежей и поборов французов и воочию убедилось в том, что республиканский режим принес ему новые налоги, реквизиции, контрибуции и дороговизну, сводившие на нет выгоду от отмены феодальных податей и десятин. В Пьемонте и Тоскане (последней французы своими реквизициями и грабежом причинили ущерб в размере 20 млн. ливров 109) отряды восставших крестьян, возглавляемые фанатичными священниками, офицерами-роялистами, а также австрийскими агентами, нападали на отступающие французские части и, врываясь в города и селения, устраивали поголовное избиение республиканцев, грабили их дома.