Постоянно осложнялось положение и в Римской республике. Нехватка продовольствия достигла таких размеров, что власти вынуждены были нормировать продажу хлеба и муки, ввести карточки и отдать распоряжение выпекать хлеб только в особых общественных пекарнях. Несмотря на повторные угрозы властей, крестьяне отказывались принимать бумажные деньги, утаивали зерно, прекращали полевые работы и поднимали восстания. Уже в январе 1799 г. командующий французскими войсками указывал республиканскому правительству, что его первоочередная задача заключается в «успокоении духа восстания и мятежа, который стремится завладеть всеми частями республики». Французский генерал старался при этом представить религиозный фанатизм в качестве основного орудия зачинщиков восстаний. Однако составители доклада сенату в марте 1799 г. вынуждены были признать, что реквизиции и грабеж являются главной причиной крестьянских мятежей. «Если мы не хотим обманывать самих себя, то в этих насилиях, а не в действиях аристократии, следует усматривать причину большинства восстаний, охвативших республику; это пламя, которое сжигает и разрушает наши департаменты». Только в феврале и марте 1799 г. карательные отряды французов и местная национальная гвардия усмиряли восстания в районах Нарни, Корезе, Терни, Алатри, Ристи, в Сабинских горах и Чи-витта-Веккиа пз.
Это пламя крестьянских восстаний, раздуваемое клерикально-монархической реакцией, все шире охватывало и Неаполитанскую республику. До того, как осложнилась обстановка в Северной Италии, немногочисленная французская армия, находившаяся в Неаполитанской республике, могла еще поддерживать республиканский строй. В феврале и марте французы, используя артиллерию, с беспощадной жестокостью подавляли мятежные Абруццы и расправились с восставшими районами в Апулии. Число убитых жителей определялось тысячами. Учиненные французами грабежи (в частности ограбление особенно почитавшихся церквей, в которых хранились мощи святых) вызвали еще большее озлобление населения и дискредитировали местных республиканцев.