Никому из них не удалось покинуть Неаполь, ибо адмирал Нельсон, прибывший со своим флотом в столицу, нарушил условия почетной капитуляции, разрешавшей части патриотов отплыть во Францию, а французский генерал Межан сдал за взятку главный городской бастион — замок Сант-Эльмо и предательски выдал группу патриотов в руки палачей.
Начался долгий трагический эпилог республиканского движения в Неаполе. Разъяренные санфедисты и лаццарони устроили в городе кровавую оргию, грабя дома и варварски расправляясь с республиканцами. После массовых убийств в первые дни после захвата Неаполя начались казни по приговору королевского суда, продолжавшиеся на рыночной площади города до конца года. 8 августа была повешена Элеонора де Фонсека Пиментель, вслед за ней повешены или обезглавлены самые выдающиеся патриоты: Винченцо Руссо, Марио Пагано, Иньяцио Чиайя, Доменико Чи-рилло, Джузеппе Логотета, Андреа Витальяни и многие десятки других. Погибла вся руководящая группа республиканцев и тысячи рядовых патриотов. Репрессиям подверглись десятки тысяч людей — королевский двор и реакция стремились сломить республиканское и патриотическое движение на Юге, нанеся ему смертельный удар.
В конце сентября 1799 г. пала Римская республика. Французские войска и часть республиканцев покинули ее территорию. В Рим вступила неаполитанская королевская армия и отряд русской морской пехоты в количестве 800 человек (в ноябре через Рим прошло еще более 2 тыс. русских солдат, направлявшихся в Неаполь П6).
К осени 1799 г. во всей Италии были восстановлены абсолютистские режимы, значительную часть страны оккупировали иностранные войска. Реакции удалось повсеместно восторжествовать потому, что оппозиция народных масс, и прежде всего крестьянства, к республиканскому режиму стала в 1799 г. всеобщей. Поэтому для итальянских республик, лишенных опоры среди низов, поражение французской армии оказалось роковым.
Республиканское движение, зародившееся в Италии под воздействием Французской революции и достигшее наибольшего развития в период революционного трехлетия (1796—1799 гг.), потерпело, таким образом, в 1799 г. жестокое поражение под ударами контрреволюции, понеся при этом неисчислимые жертвы.