«Лже-Исидоровы декреталии» (составлены в середине IX в. Псевдоним автора — Исидор Меркатор) проповедовали независимость духовных владык, епископов, от светских властей, а также утверждали верховенство папы над епископами. Однако конец IX и X в. стали снова периодом глубокого упадка папства, когда престол занимали креатуры различных группировок римской знати. Так, в X в. пап назначали две знатные римлянки — Феодора и ее дочь Мароция. Мароция сделала папой своего сына (под именем Иоанна XI), другой ее сын, Альберик, заключил собственного брата, папу и саму Мароцию в тюрьму; в течение 22 лет он оставался диктатором з Риме и назначал пап. Среди них был и его 16-летний сын (Иоанн XII), известный своей распущенностью. Именно из рук этого папы получил Оттон I императорскую корону. После создания «Священной Римской империи» почти 100 лет императоры фактически добивались избрания на папский престол своих кандидатов (когда же папа Иоанн XII попытался освободиться от опеки Оттона I, его предали по приказу Оттона суду церковного собора и лишили власти по обвинению в убийстве, клятвопреступлении, святотатстве и безнравственном поведении).
Оборотной стороной упадка папской власти было усиление власти епископов, архиепископов, аббатов, превращавшихся в могущественных феодальных сеньоров и нередко предававших забвению общецерковные интересы в угоду стремлению к обогащению и приобретению политического господства. «Обмирщение» церкви сильно подрывало ее авторитет среди ьерующих.
Движение за создание сплоченной, сильной и независимой церкви, за укрепление папской власти особенно широко развернулось в X—XI вв. Возникло оно среди монашества. Его возглавил монастырь Клюни в Бургундии, основанный в 910 г. (по его имени получило название и все движение). К концу XII в. к движению присоединились около 2 тысяч монастырей Франции, Германии, Италии, Англии и Испании. Во главе конгрегации стоял клюнийский аббат, находившийся непосредственно под властью папы. Реформированные монастыри вводили у себя суровый бенедиктинский устав, требовавший от братии строгого аскетизма и безусловного повиновения аббату.