Больше всего воззрения махновцев были созвучны программе РКП(б), однако большевиков очень пугали их анархистские взгляды, упор на местное самоуправление, неприятие централизма. Уже в декабре 1919 года на VII Всероссийском съезде Советов Л. Д. Троцкий, выражая точку зрения ЦК РКП(б), заявил: если сегодня махновцы опасны для Деникина, то после освобождения Украины станут смертельной опасностью для рабоче-крестьянского государства. 11 декабря он подписал секретный приказ командованию Южного фронта о ликвидации махновских и других партизанских отрядов. Преследовалась вполне определенная цель — полностью избавиться от махновщины и иных вооруженных отрядов, претендующих на независимость, выступающих против диктатуры РКЩб) и ее вождей, упорствующих в проведении анархо-коммунистических преобразований.
Под предлогом того, что махновцы отказались выступить на польский фронт в ночь на 10 января 1920 года (до публикации постановления об объявлении Махно вне закона), пять дивизий Красной армии приступили к разоружению повстанческих полков в районе Александ-ровска (Запорожья). Основная масса махновцев влилась в ряды Красной армии, и к весне 1920 года в распоряжении Махно осталось не более 1500 бойцов. Тем не менее его штаб в своей агитационной работе подчеркивал, что врагами повстанцев остаются белогвардейцы, националистке. Петлюры, призывал бороться не против РКЩб), а только со злоупотреблениями красных комиссаров и чекистов. Махновская газета «Повстанец» в номере от 18 июня 1920 года призывала крестьянство выгнать всех комиссаров и карателей, не верить польским генералам, изменникам типа С. Петлюры, А. И. Деникину, кулакам, политиканам и болтунам.
Когда к июлю 1920 года армия Н. Махно снова превратилась в значительную силу (более 10 тысяч штыков и сабель, 300 пулеметов, 12 орудий), ее попытался привлечь на свою сторону генерал П. Н. Врангель. Однако посланный им парламентер 9 июля был расстрелян по решению махновского Совета и штаба. Аналогичные попытки повторились осенью 1920-го (в октябре посланцем являлся генерал Спиридонов), но снова безуспешно.