Разразилась гражданская война, о которой, к счастью, мы подробно знаем по «Анабасису» Ксенофонта. Кир, младший брат нового царя, замышляет захватить престол. В это время Египет, воспользовавшись ситуацией, вновь выходит из-под власти Ахеменидов. История отступления десятитысячного отряда греческих наемников после смерти их предводителя Кира, павшего в битве при Кунаксе (3 сентября 401 г. до н. э.), подробно изложена в «Анабасисе» — сочинении, которое является не только шедевром греческой классики, но и важным источником сведений об ахеменидской державе. Картина греко-персидских отношений в этот период, особенно в Ионии, кажется довольно однообразной—это цепь бесконечных интриг, восстаний и убийств. В то же время можно видеть, как Ахемениды, искусно сея раздоры, использовали в своих интересах греческие междоусобицы.
Египет оказался достаточно сильным, чтобы противостоять попыткам персов вновь завоевать эту страну, и оставался под властью местной династии. Когда разразилось восстание сатрапов в Анатолии, вышедших из-под контроля царя царей, империя, казалось, билась в предсмертных судорогах. Гибель ее была отсрочена на немногие годы Артаксерксом III, способным и жестоким правителем, вступившим на престол в 359 г. Ему удалось усмирить сатрапов, поднявших мятеж и вновь начавших выпуск собственной монеты, но вскоре восстало несколько городов в Финикии. Довольно. трудно проследить все сложные перипетии борьбы с сатрапами Малой Азии и правителями Восточного Средиземноморья, в которую были вовлечены и греки; греческие наемники неизменно участвовали в военных действиях. Процесс эллинизации Азии происходил уже при последних Ахеменидах, Александру Великому суждено было лишь ускорить его.
В Греции все сильнее ощущалось влияние новой державы — Македонии, когда Артаксеркс III начал готовиться к походу в Египет. В 345 г. он подчинил Финикию. Сидон был взят и сожжен, а жители его переселены в качестве рабов в Вавилон и Сузы. Путь в Египет был открыт.