Но заговор был открыт в декабре 1497 года; Иоанн велел держать сына на его же дворе под стражею, а приверженцев его велел казнить; шестерых казнили на Москве-реке: Яропкину отсекли руки, ноги и голову, Пояркову - руки и голову; двум дьякам - Стромилову и Гусеву - да двум детям боярским - князю Палецкому-Хрулю и Щевью-Стравину - отсекли головы, многих других детей боярских пометали в тюрьмы. В то же время рассердился великий князь и на жену свою, великую княгиню Софию, за то, что к ней приходили ворожеи с зельем; этих лихих баб обыскали и утопили в Москве-реке ночью, после чего Иоанн стал остерегаться жены. Желание бояр исполнилось. Но, удалившись от Софии, Иоанн не удалился от мыслей, внушенных ею; отстранив сына ее от великого княжения, он спешил совершить царское венчание над соперником его, внуком Димитрием, и бояре, не любившие Софию за принесение новых понятий, пользуются, однако, ими и называют Димитрия-внука боговенчанным в укор Василию и сыну его. 4 февраля 1498 года в Успенском соборе, среди церкви, приготовили место большое там, где святителей ставят; на этом месте поставили три стула: великому князю, внуку его, Димитрию, и митрополиту; на налое лежала шапка Мономахова и бармы. Когда великий князь с внуком вошли в церковь, митрополит со всем собором начал служить молебен богородице и Петру-чудотворцу, после чего митрополит и великий князь сели на своих местах, а князь Димитрий стал у мест перед ними, у верхней ступени. Иоанн, обратясь к митрополиту, начал говорить: «Отец митрополит! Божьим изволением, от наших прародителей, великих князей, старина наша оттоле и до сих мест: отцы наши, великие князья, сыновьям своим старшим давали великое княжение; и я было сына своего первого, Ивана, при себе благословил великим княжением; но божьею волею сын мой Иван умер, у него остался сын первый, Димитрий, и я его теперь благословляю при себе и после себя великим княжением Владимирским, Московским и Новгородским; и ты бы его, отец, на великое княжение благословил».