Не прошло еще году после царского венчания Димитриева, как в январе 1499 страшная опала постигла два знатнейших боярских семейства - князей Патрикеевых и князей Ряполовских. Мы видели, что при деде и отце Иоанна первое место между служилыми князьями и боярами принадлежало литовским выходцам, князьям Гедиминова рода, Патрикеевым, которые породнились и с великими князьями московскими, ибо князь Юрий Патрикеевич женился на дочери великого князя Василия Дмитриевича. Сын Юрия, Иван, первый боярин при Василии Темном, продолжал первенствовать и при Иоанне III, к нему послы иностранные обращались с важными предложениями, к нему, как мы видели, обратился и брат великокняжеский, Андрей, с просьбою о посредничестве. Князь Иван породнился с другим знаменитым семейством боярским, ведшим свой род от Ивана, сына Всеволода III, и возвысившимся в Москве при Василии Темном чрез важные услуги, оказанные семейству последнего: Патрикеев выдал дочь за князя Семена Ряполовского-Стародубского. И вот, несмотря на важное значение, родство, заслуги отцовские, Иоанн велел схватить князя Ивана Юрьевича с двумя сыновьями, зятя его, князя Семена Ряполовского, испытал подробно все крамолы, нашел измену бояр и приговорил их к смертной казни: 5 февраля Семену Ряполовскому отрубили голову на Москве-реке; просьбы духовенства спасли жизнь Патрикеевым: отец со старшим сыном должны были постричься в монахи - первый у Троицы, другой в Кириллове Белозерском монастыре, младший сын остался под стражей в доме. Неизвестно, отобрано ли было имение у Патрикеевых, из духовной князя Ивана Юрьевича, написанной прежде опалы, знаем, что у него было около пятидесяти вотчин, сел, селец и деревень, поименованных в духовной, кроме таких селец и деревень, которые не названы по имени, а причислены к селам.
Летописцы говорят глухо, не объявляют, в чем состояли крамолы, измена Патрикеевых и Ряполовского, но нет сомнения, что эта измена и крамолы состояли в действиях их против Софии и ее сына, в пользу Елены и Димитрия-внука; это ясно видно из приведенных выше слов Курбского и Берсеня, ясно и из того, что за опалою Патрикеевых и Ряполовского немедленно последовала опала Елены и Димитрия, торжество Софии и Василия.