Много между тем было выстроено новых церквей, которые оставались без освящения вследствие нерешенного дела о том, как ходить с крестами: все священники и книжники, иноки и миряне держали сторону митрополита, за великого князя стояли только преемник Вассиана, ростовский владыка Иоасаф, родом из князей Оболенских, да чудовский архимандрит Геннадий. Видя на своей стороне такое меньшинство, великий князь послал к митрополиту в Симонов сына своего с просьбою возвратиться; но митрополит не послушал; тогда великий князь поехал сам бить челом, объявил себя виноватым, обещал вперед во всем слушаться митрополита, и тот возвратился в Москву на свой стол. Случай скоро дал ему и другое торжество над противником его, Геннадием, архимандритом чудовским: в 1482 году крещенский сочельник пришелся в воскресенье, и Геннадий позволил братии пить богоявленскую воду, поевши. Митрополит, узнавши об этом, послал схватить Геннадия и привести к себе, тот убежал к великому князю; тогда митрополит сам пошел к великому князю с жалобами: обвинял Геннадия, во-первых, в том, что поступает самовольно, разрешает такие важные вещи, не спросясь митрополита; во-вторых, обесчестил такую священную воду. Великий князь выдал его митрополиту, и тот велел сковать Геннадия и посадить в ледник под палату; великий князь с боярами упросил, однако, митрополита смиловаться над преступником, приводя в пример милосердие митрополита Ионы, уже теперь прославленного чудесами, над ростовским владыкою Феодосием, дерзнувшим разрешить мясо в богоявленский сочельник. Через два года после этого происшествия Геронтий заболел, решился оставить митрополию и опять уехал в Симонов монастырь; великий князь, как видно, был доволен этим и уже назначил ему в преемники Паисия, благочестивого игумена троицкого; но Геронтий, выздоровевши, захотел опять на митрополию; тщетно великий князь посылал к нему Паисия уговаривать остаться при прежнем намерении; Геронтий не соглашался и несколько раз убегал из монастыря в Москву, но его перехватывали на дороге. Соблазн был большой; великий князь начал советоваться с Паисием, можно ли взять Геронтия опять на митрополию. Паисий объявил, что можно, и объявил также, что сам никогда не согласится быть митрополитом: он по принуждению великого же князя согласился быть и троицким игуменом и скоро потом оставил игуменство, потому что не мог превратить чернецов на божий путь, на молитву, пост, воздержание; они хотели даже убить его, потому что между тамошними монахами были бояре и князья, которые не хотели повиноваться ему.