Нападение было удачное, враги застигнуты врасплох, напуганы; с тех пор, говорит летопись, начали бояре от государя страх иметь и послушание. Прошел год. Иоанну было уже четырнадцать лет, и опала постигла князя Ивана Кубенского: его сослали в Переяславль и посадили под стражу. Князь Иван Кубенский с братом Михайлом были главами заговора против Бельского и митрополита Иоасафа, в пользу Шуйского; Иван же Кубенский упоминается в числе бояр, бросившихся на Воронцова с Шуйскими. 16 декабря 1544 года был схвачен Кубенский, в мае 1545 был освобожден. 10 сентября Афанасию Бутурлину отрезали язык за невежливые слова; но в следующем месяце - опять опала на князя Ивана Кубенского, князя Петра Шуйского, князя Александра Горбатого, князя Димитрия Палецкого и на Федора Воронцова. Нам неудивительно, что не могли остаться в покое или не умели сдержать своего неудовольствия Шуйские и главные их советники, так много потерявшие при новом порядке вещей, - князь Петр Шуйский, сын прежнего правителя, князя Ивана, князь Кубенский, князь Палецкий, которого имя стоит рядом с именем Кубенского при описании заговора против Бельского и Воронцова; но поражает нас среди этих имен имя Федора Воронцова, подвергшегося опале вместе с заклятыми врагами своими. К счастию, на этот раз летописец объясняет нам дело, и совершенно удовлетворительно.
После казни Андрея Шуйского первым делом великого князя было возвращение из ссылки Воронцова, который ничего не потерял из прежнего его расположения; возвратившись к двору с торжеством, блистательно отомщенный, Воронцов стал думать, как бы самому занять место Андрея Шуйского, одному управлять всем, одному раздавать все милости именем еще несовершеннолетнего государя: кого государь пожалует без Федорова ведома, и Федору досадно, говорит летописец; сам ли Иоанн заметил эти досады, или другие, которым было тесно с Воронцовым, например князья Михаил и Юрий Глинские, дядья государевы, указали ему в Воронцове другого Шуйского, только Воронцов подвергся опале вместе с прежними своими врагами. Но и на этот раз опала продолжалась не более двух месяцев: в декабре 1545 года для отца своего, Макария-митрополита, великий князь пожаловал бояр своих.