Этих колебаний, опал, налагаемых на одни и те же лица, прощений их в продолжение 13, 15 и 16 года Иоанновой жизни нельзя оставить без внимания: странно было бы предположить, что молодой Иоанн только по старой неприязни к родственникам и друзьям Шуйских, безо всякого повода бросался на них и потом прощал; трудно предположить, чтобы могущественная сторона Шуйских так была поражена казнию князя Андрея, что отказалась совершенно от борьбы; но кто боролся с нею именем Иоанна - летописи молчат. Можно указывать вначале на Воронцова, можно указывать на князей Глинских, которых могущество обнаруживается во всеобщей ненависти вельмож к ним. Но окончательно Кубенский и Воронцов были погублены не Глинскими; на это есть определенное свидетельство источников. В мае 1546 великий князь отправился с войском в Коломну по вестям, что крымский хан идет к этим местам. Однажды Иоанн, выехавши погулять за город, был остановлен новгородскими пищальниками, которые стали о чем-то бить ему челом; он не расположен был их слушать и велел отослать. Летописец не говорит, как посланные великим князем исполнили его приказание, говорит только, что пищальники начали бросать в них колпаками и грязью; видя это, Иоанн отправил отряд дворян своих для отсылки пищальников, но последние стали сопротивляться и дворянам; те вздумали употребить силу, тогда пищальники стали на бой, начали биться ослопами, из пищалей стрелять, а дворяне дрались из луков и саблями; с обеих сторон осталось на месте человек по пяти или по шести; великого князя не пропустили проехать прямо к его стану, он должен был пробираться окольною дорогою. Легко понять, какое впечатление должно было произвести это происшествие на Иоанна, напуганного в детстве подобными сценами и сохранившего на всю жизнь следствия этого испуга. Но он привык видеть врагов своих, дерзких ослушников своей власти, не в рядах простых ратных людей, и потому сейчас же им овладело подозрение: он велел проведать, по чьей науке пищальники осмелились так поступить, потому что без науки этого случиться не могло. Разузнать об этом он поручил не знатному человеку, но дьяку своему, Василию Захарову, который был у него в приближении; мы видим, следовательно, что Иоанн, подобно отцу, уже начал приближать к себе людей новых, без родовых преданий и притязаний, дьяков.