А так как пользование этим правом влекло за собой разоблачение немалого числа злоупотреблений, то колониальные власти всячески старались этим поездкам воспрепятствовать (на это указывалось, когда речь шла о дурном обращении с индейцами). Также поступал Иисарро по отношению к сторонникам Альмагро во время борьбы этих капитанов.
Что же касается индейских поселков, так называемых редукций, то нам известно, что там коронные власти пытались сохранить—в той мере, в какой это было совместимо с энкомьепдами,-—административную автономию, иногда по типу их старой организации, иногда уподобляя ее кастильским муниципалитетам. Вместе с тем они старались избавить индейцев от дурного влияния испанцев, негров, метисов и т. п., которые, поселяясь с ними, могли причинить им вред. Инструкции, данные монахам-иеремитам, отправившимся в Индии вместе с Лас-Касасом, а затем различные грамоты и распоряжения XVI и XVII вв. предписывают относиться с уважением к власти касиков (хотя и ограничивая прежние ее диктаторские формы) как в Америке, так и на Филиппинах и сохранять индейский обычай наследования власти вождя. Индейцы могли также образовывать муниципалитеты, выбирая из своей среды алькальдов и рехидоров. Но присутствие во всех поселениях миссионеров, обязанных проверять выборы, и королевских чиновников (инспекторов и ревизоров) практически сводило к нулю автономию индейских общин или сильно ее ограничивало, даже в тех случаях, когда вмешательство этих лиц было чисто номинальным или проводилось гуманными методами.
Совет по делам Индий, коронные должностные лица, финансы и торговая палата. Во главе всей политической и административной организации Индий стоял, как мы знаем, совет, специально ведавший делами колоний. Совет существовал с первых времен конкисты, но ясные и определенные организационные формы он принял только в начале царствования Карла I (1518, 1520, 1534 гг.). В его состав входили: президент, хранитель печати, восемь советников, прокурор, два секретаря, заместитель хранителя печати, докладчики, писцы, счетчики, главный хронист и космограф, математик и другие должностные лица и мелкие чиновники.