Так как благополучное прибытие кораблей приносило двойную выгоду (с одной стороны фиску, с другой—коммерсантам), флотилиям уделялось больше внимания и заботы, чем даже королевским морским силам. Хотя, согласно уставу и присвоенным ему функциям, организацией флотилий ведал совет, на деле ими занималась торговая палата, которая совместно с заинтересованными частными лицами обычно назначала или предлагала руководителя каждой экспедиции. Начальник флотилии должен был быть хорошим моряком, чтобы провести многочисленную группу груженых кораблей, и хорошим военным, чтобы избежать нападений пиратов и регулярных эскадр противника. Флотилиям приходилось брать курс резко на север или, наоборот, поворачивать к югу в поисках такого испанского порта, где противник менее всего мог ожидать прибытия кораблей. Иногда врагов наводили на ложный след, посылая одновременно другие суда.
Несмотря на все предосторожности и искусство таких адмиралов, как Маркое де Арамбуру, Франсиско дель Корраль, Алонсо де Чавес, Луис Кордуанский, Херонимо Португальский и Луис Фахардо, которым неоднократно удавалось успешно проводить флотилии, случалось, что корабли вынуждены были либо укрываться в портах Антильских островов (причем даже там они подвергались нападению), либо откладывать плавание; иной раз они подвергались нападению и погибали у самых берегов Испании. Кроме того, немалый ущерб приносили бури, а также неопытность матросов, которых нанимали без достаточного отбора. Так, в 1601 г. в Веракрусе погибло 14 кораблей, больше 1000 человек и на 2 миллиона товаров. А в 1604 и 1605 гг.—4 корабля с четырехмиллионным грузом и 1300 человек, среди них Луис Кордуанский; в 1604 г.—2 судна на отмелях Тахо с экипажем в 300 человек. Даты указывают, как часто случались эти катастрофы. Хотя негоцианты постоянно протестовали против плохой организации флотилий и требовали ее улучшения, ничего существенного в этом направлении сделано не было.