В Кастилии королевой стала Хуана, а ее супруг Филипп, после того как было установлено, что Хуана страдает умственным расстройством, сделался регентом. Филипп пытался совершенно отстранить Хуану от управления, но этому воспротивились кортесы. Итак, эрцгерцог продолжал править, вызывая своим поведением возмущение у кастильцев. Филипп покровительствовал фламандским сеньорам из своего окружения, раздавал им пожалования и государственные должности и в то же время шел на уступки местной знати, которая уже не чувствовала над собой железной руки Изабеллы и Фердинанда. Положение резко изменилось после скоропостижной смерти Филиппа (1506 г.).
Узнав о смерти своего зятя, Фердинанд, который находился тогда в Неаполе, решил повременить с возвращением в Кастилию. Он полагал, что кастильцы рано или поздно пригласят его сами, и предположения эти оправдались, так как в стране вскоре начались смуты, вызванные своеволием знати и дурным управлением Хуаны.
Регентство Фердинанда. Завоевания в Африке и присоединение Наварры.
В 1507 г. Ф.ердинанд снова прибыл в Кастилию и приступил к исполнению обязанностей регента. Уделяя большое внимание внутренним кастильским делам, он в то же время стремился обеспечить дальнейшее расширение испанских завоеваний в Италии и закрепить политическое преобладание Арагона и Кастилии в Европе. Не без некоторых колебаний (вызванных особенностями его подозрительного и завистливого нрава) он разрешил кардиналу Сиснеросу, бывшему духовнику королевы, снарядить завоевательные экспедиции в Африку, на осуществление которых Изабелла настаивала в своем завещании. Сиснерос за свой счет снарядил корабли и войска. Кастильские вооруженные силы под предводительством Педро Наварро завоевали в 1509—1510 гг. Пеньон де Гомеру, Оран, Бужию и Триполи; они также закрепились в Санта Крус де Map Пекенья и обязали мавританских королей Туниса, Алжира и Тлемсена платить Кастилии дань. В другой, предпринятой еще ранее экспедиции кастильские войска овладели Масалькивиром.