Для Филиппинских островов угроза возникла с другой стороны. Помимо борьбы с туземным населением и с жителями соседних островов, испанским колонистам приходилось терпеть нападения китайских и японских пиратов. В 1574 г. Манила была подожжена китайским пиратом Ли Ма-хоу. Овладев Пангасинаном, он укрепил его и объявил себя королем. Несколько лет спустя такую же попытку сделал один японский пират, который был разбит. К этому времени относятся установление первых торговых связей европейцев с Китаем и первые поездки испанских миссионеров в Японию, Китай, Индию и другие азиатские страны. В Маниле поселилось много китайцев и японцев. Китайцы вели себя очень мирно, но японцы призвали в Манилу особое посольство, которое от имени императора потребовало признания японского господства и уплаты дани (1593 г.). Отклонив это требование, испанцы отправили в Японию миссионеров, которые прожили там спокойно вплоть до 1597 г., когда за выступление против ограбления одного испанского судна они были распяты японцами. Впоследствии японский император принес свои извинения, но, соблюдя эту формальность, вскоре вновь начал угрожать вторжением на остров Лусон.
После присоединения Португалии к испанцам перешли и все ее колонии: острова Мадера, Азорские и Зеленого Мыса, значительная часть Гвинеи, Конго, Ангола и мыс Доброй Надежды в Африке. В Азии Испания получила все юго-западное побережье, и, в частности, побережье залива Оман, часть Красного моря, Индостан, Цейлон, полуостров Малакку, острова Борнео, Суматру, Целебес, Молуккский архипелаг и многочисленные фактории в Китае и Японии. Азиатские владения были разделены на три вице-королевства.
Наследный принц дон Карлос. Филипп II имел от своей первой жены— принцессы Марии Португальской—сына Карлоса (1545 г.), предполагаемого наследника испанского престола. За свою короткую жизнь (23 года) Карлос причинил Филиппу, пожалуй, больше огорчений, чем все его политические неудачи вместе взятые. Кроме того, судьба Карлоса дала повод к созданию очень распространенных, не благоприятных для Филиппа легенд.