Эти латинские кафедры захватили имущество православной церкви. Сначала на Лемесском совещании (1220), а затем на Аммохостском (1222) были выработаны правила, которые поставили православных в зависимость от латинской иерархии. Без разрешения католической церкви православным нельзя было рукополагать клириков, совершать постриг иноков, переходить в другое место. От новоизбранных греческих епископов требовалось являться к латинскому архиерею и давать присягу верности и подчинения. Количество православных епархий сократилось с 14 до 4.
В 1260 г. Папа Александр IV издал буллу, определившую положение православных на Кипре. И латиняне и греки получали по четыре епископии. Упразднялась должность православного архиепископа (и Греческой, и Латинской Церквами управлял латинский архиепископ). Четыре греческих епископа могли жить только в строго установленных местах. Если православный клирик отказывался принести присягу на верность латинскому епископу, его кандидатура снималась. Православные епископы быпи обязаны платить налог латинскому архиепископу.
В 1571 г. латинское господство сменилось господством Османской империи. В 1660 г., при архиепископе Никифоре. Порта официально признала главу Кипрской церкви представителем греческого народа Кипра, то есть этнархом, вменив ему в обязанность вместе с митрополитами взимать налоги с православных киприотов в пользу турецкого правительства. Роль архиепископа как защитника интересов киприотов в этот период огромна. Он часто ездил в Стамбул с ходатайствами о сокращении налогов, восстановлении храмов, удалении жестоких турецких пашей. С этого момента архиепископ на Кипре становится не только религиозным, но и политическим лидером.
В 1821 г. в Греции вспыхнуло восстание против турок. Кипрский архиепископ Киприан был заподозрен в сочувствии к восставшим, в результате чего 9 июля 1821 г. паша Кючюк Мехмет учинил над христианами жестокую расправу. Архиепископ Киприан был повешен, были казнены 486 клириков, то есть 75% священнослужителей острова. Три митрополита были обезглавлены, умерщвлены все настоятели монастырей, уничтожено около 10 тысяч мирных жителей. В декабре 1821 г.