«Крепости мало стоят, когда народ тебе враг»,— писал Макиавелли в своих «Рассуждениях», имея в виду события в Ломбардии. Моро с остатками войска отступил к столице и старался подготовить Милан к обороне. Но миланцы не желали осады. В городе вспыхнуло восстание, и герцогу пришлось спасаться бегством (6 октября 1499 г.). В его руках осталась только цитадель.
Вскоре вся Ломбардия очутилась под властью французов.
Не военная или финансовая слабость, а главным образом народное недовольство, прямая враждебность миланской олигархии и предательство феодалов — начальников крепостей, т. е. по существу те же причины, что обеспечили быстрый успех Карла VIII в Неаполитанском королевстве, явились залогом столь быстрого успеха французов в Ломбардии.
На этот раз французы решили обосноваться более прочно. Ломбардию официально присоединили к королевскому домену. В результате некоторой реорганизации государственного управления вся власть сосредоточивалась в руках дворянско-купеческой олигархии под французским контролем. Тайный герцогский совет заменили неким подобием сената, куда входили и французские феодалы. Налоги снизили для Милана примерно на одну треть, но миланцы остались недовольны, полагая, что за сдачу города без боя они заслужили полное освобождение от налогов. Исполнительную власть осуществлял наместник короля. Им стал кондотьер Джан-Джакомо Тривульцио, человек, который даже в те отнюдь не щепетильные времена славился исключительной жестокостью. Его правление вскоре вызвало новое воосстание в городе. Как писал Гвиччардини, не только политика французов, а и их обычаи, костюмы — все настраивало миланцев против них, но главным образом — «крушение надежд на свободу». 5 февраля 1500 г. Моро смог вернуться в Милан во главе войск, набранных им в Швейцарии. Но успех его оказался кратковременным. Если в первый раз на завоевание Ломбардии французам понадобилось три недели, то вторично на это ушло три месяца.