Теперь, казалось, государства полуострова вновь предоставлены самим себе. Но они не смогли использовать те преимущества, которое давало бы им объединение. Вторжение Карла VIII безвозвратно подорвало систему политического равновесия, возродило приглушенные было противоречия, оживило экспансионистские тенденции отдельных государств, и особенно папства.
Уход французов не принес умиротворения. Один за другим вспыхивают очаги внутренних войн. Одним из главных узлов противоречий стала Романья, из территории которой Александр VI решил выкроить владение для своего сына Цезаря Борджа. Это затрагивало непосредственно интересы Милана и Венеции, которые сами претендовали на Романью. Вторым пунктом столкновения стала восставшая Пиза, против которой сразу же после прихода французов Флоренция начала изнурительную войну (1494—1509), чтобы восстановить в ней свое владычество.
Пиза искала союзников. Венеция, которая не прочь была укрепиться на западном побережье Италии, охотно оказала поддержку войсками. В свою очередь Моро не мог остаться равнодушным к возможному усилению Венеции, как и вообще к необыкновенному росту ее престижа после Форново, когда Светлейшая пыталась играть роль спасительницы Италии. Для нейтрализации влияния Венеции в Тоскане герцог Миланский не только сам принял участие в Пизанской кампании, но и привлек императора, снабдив его деньгами. Таким образом, конфликт Пиза — Флоренция превратился в общеитальянский.
Между тем Франция, несмотря на неудачный поход Карла VIII, отнюдь не оставила намерений покорить Неаполь. Сведения о подготовке еще одной экспедиции начали поступать буквально сразу же после ухода Карла VIII. Уже в январе 1497 г. Франция сумела вернуть себе ряд крепостей в Северной Италии — Нови, Алессандрию. Не менее деятельно велась и дипломатическая подготовка нового вторжения.