Но к лету 1942-го из них остались лишь немногие: 13 подпольных обкомов (эффективно работали только те, что находились в расположении крупных партизанских отрядов), 110 подпольных горкомов и райкомов, 280 партийных ячеек. Фактически в подполье смогли сохраниться и наносить ущерб врагу не более 15— 20 процентов первоначально привлеченных кадров. Причина коренилась в отсутствии подготовленных для подполья работников, в грубых просчетах при выборе типа организационных структур, методов их деятельности, мест базирования и способов конспирации, а также в многочисленных фактах предательства хозяев конспиративных квартир или самих подпольщиков. Очень мало внимания уделялось подбору связных, изготовлению достоверных личных документов для подпольщиков, обеспечению их продовольствием и материальными средствами. Эти и многие другие ошибки привели к тому, что за несколько месяцев службы безопасности гитлеровцев уничтожили сотни подпольных организаций, тысячи патриотов. В конце 1941 — летом 1942-го было разгромлено подполье Днепропетровска, Киева, Николаева, Одессы, Запорожья, Сталино, Винницы, Симферополя, Феодосии, Харькова и других городов. Запасные и создаваемые заново подпольные комитеты спустя некоторое время, как правило, обезвреживались фашистами или их работа ограничивалась агитацией среди населения. В целом лишь немногие подпольные группы, особенно связанные с резидентурами НКВД, смогли наладить разведывательную и диверсионную деятельность. Характерный пример: из 33 подпольных сельских райкомов ВКП(б) на Харьковщине слабо, но все же как-то действовали 5—6 райкомов. В самом Харькове из 54 членов подпольных райкомов партии, а также нескольких десятков связных реально работали 12 человек.
Большие трудности возникли при организации партизанского движения, где были допущены те же серьезные просчеты, что и при формировании подполья. Осенью 1941 года партизанские отряды состояли в основном из партийного, комсомольского, советского и хозяйственного актива, сотрудников милиции и органов безопасности, попавших в окружение военнослужащих.