Став родосскими рыцарями, они вспомнили о своей изначальной миссии – уходе за больными и ранеными. К началу XIV века на острове появился странноприимный дом, а незадолго перед тем были построены новые укрепления, превосходный дворец великого магистра, склады, школы.
Подобно своим давним соперникам тамплиерам, иоанниты распоряжались огромными средствами, но в отличие от них не занимались финансовыми операциями, а если и позволяли себе ростовщичество, то без размаха и огласки. Редкая для средневековой знати осмотрительность помогла сохранить богатства и выжить, чего не удалось тамплиерам. Неприязнь к ним французского короля привела к полному разгрому ордена: обвиненные в ереси, разврате и связи с дьяволом, самые знатные рыцари взошли на костер, а бoльшая часть орденского наследия досталась монарху. В 1312 году папа Климент V официально упразднил орден, передав оставшееся после раздела имущество иоаннитам.
В очередной раз пополнив казну, рыцари с энтузиазмом занялись своим основным делом – организацией госпиталей. Помимо странноприимного дома на Родосе, они учредили такие же во всех иностранных отделениях, выделяя на то особую статью бюджета. Под воздействием внешних обстоятельств, когда искусное владение мечом не гарантировало мощи союза, госпитальеры пришли к идее создания юридических школ, открыв первую в Париже. Выпускники этих заведений брали на себя мирские дела иоаннитов, а в дальнейшем стали исполнять обязанности поверенных ордена в Риме.
Поскольку захват Родоса проводился под знаком малого Крестового похода, папа запретил рыцарям использовать гавани для транзитной торговли. Это существенное ограничение не помешало, однако, созданию великолепного флота, в котором воплотились самые передовые технологии тогдашнего судостроения.
Невзирая на весьма непривлекательные цели, родосская кампания способствовала укреплению авторитета рыцарей.