Имея огромные доходы от европейских владений, они контролировали основные морские пути, доказывая свои права с помощью тяжеловооруженных галер. Покрытые металлическими пластинами, все рыцарские суда были оснащены мощными пушками и выходили в море в любую погоду; скорость их зависела не от ветра, а от слаженной работы 50 гребцов, сидевших на двух палубах. Помимо рыцарей, команду военных кораблей составляли около 200 солдат. Историки полагают, что первый броненосец изобрели именно госпитальеры. Таковым считается корабль «Святая Анна» – шестипалубное морское судно со сплошной свинцовой обшивкой.
С первой половины XIV века боевая мощь лучшего в Европе флота направлялась против двух вражеских сил: к давнишним врагам мамелюкам добавился новый, не менее грозный противник – турки-османы. Тогда еще не наступил расцвет их государства, активно расширявшего свои территории к Востоку; впереди были и самые громкие победы. Однако уже в период становления державы турки доставляли соседям серьезные неприятности и воинство Христа отвечало им тем же. Разбив турецкое войско в 1318 году, иоанниты закрепили успех через несколько месяцев, проведя блестящую морскую операцию вблизи острова Хиос. В следующем году рыцарский флот вновь отличился: турецкую эскадру, состоявшую из 80 кораблей, уничтожили 40 родосских галер.
Победы ордена часто сопровождались кровавыми драмами, подобным и той, что произошла при взятии Иерусалима. В 1345 году орденские отряды оккупировали часть Малой Азии, изгнав мусульман из Смирны. Двадцать лет спустя, вспомнив былое, они устроили резню после удачного штурма Александрии. Непобедимое братство сыграло решающую роль во время осады Константинополя в 1453 году и сумело выстоять в 1480 году, когда османы попытались завладеть Родосом. Серию побед удалось прервать очередному наместнику Аллаха на земле, султану Сулейману Великолепному, изгнавшему «гяуров из сатанинского убежища», как он именовал своих врагов и прекрасный Родос. Весной 1522 года к берегам острова подошла турецкая армада из 400 кораблей, на борту которых находилось 200-тысячное войско.