В 1557 году орден возглавил французский дворянин Жан Паризо де ла Валлетт. Самый знаменитый руководитель братства, личность незаурядная во всех отношениях, он обрел власть в возрасте 67 лет и по тем временам считался стариком. Легенды о нем слагались еще при жизни; барды воспевали заслуги гроссмейстера в балладах, а священники превозносили его христианские добродетели в проповедях.
Орденский историк аббат де Брантон называл ла Валлетта «гасконцем до кончиков ногтей», чья привлекательная внешность дополнялась умом, храбростью и превосходным образованием. Видимо, романтика походной жизни для него была сильней тоски по родине, ведь, став рыцарем, он ни разу не посетил родовое поместье в Тулузе. Благодаря личной отваге и справедливому отношению к подчиненным будущий глава ордена снискал себе непререкаемый авторитет. С годами к смелости, решительности, организаторскому таланту великого магистра добавилась мудрость, в немалой степени обеспечившая победу в борьбе с давним врагом. Во времена его правления неудачей завершились все попытки завладеть островами, поскольку орден обрел единство, а в казну стали регулярно поступать деньги. Тем не менее высадке войск Сулеймана Великолепного рыцари воспрепятствовать не смогли, поскольку не располагали достаточным количеством пушек.
Турецкая армада подошла к Мальте 18 мая 1565 года. Проведя ночь в бухте, на следующий день 180 кораблей с 30 тысячами янычар на борту причалили к берегу.
Турки сумели захватить Сан-Эльмо, правда, осада завершилась со смертью последнего человека из гарнизона. Штурм форта предварял длительный обстрел из пушек, установленных рядом на мысе (ныне Драгут-пойнт) и на оконечности полуострова, там, где впоследствии появился форт Рикасолли.
Осознав бесполезность защиты, рыцари решили покинуть крепость, что не мог одобрить великий магистр.