Получив приказ обороняться до последней капли крови, защитники едва не взбунтовались. Поднявшийся ропот был погашен запиской с разрешением уйти всем желающим, но таковых не нашлось.
Слишком дорого обошлись туркам развалины маленькой крепости. Враги потеряли 8 тысяч солдат и командующего алжирской флотилией, легендарного корсара Тургут-раиса, более известного под прозвищем Драгут. Потери ордена были еще тяжелее. Разъяренный глава турецкой экспедиции Мустафа-паша приказал четвертовать оставшиеся на поле боя трупы, укрепить останки на крестах и бросить в море. На следующее утро скорбный караван прибило к замку великого магистра. Возмездием за поругание послужил приказ ла Валлетта обезглавить пленных турок, зарядить их головы в огромные пушки и произвести залп в сторону вражеского стана.
Дымящиеся руины Сан-Эльмо производили настолько гнетущее впечатление, что, увидев их, один из турецких полководцев заподозрил исход следующих сражений и выразил свои чувства по-восточному витиевато: «Можно представить, какое сопротивление мы получим от отца, если ребенок, почти младенец, стоил нам жизни самых лучших солдат!». Под родителем подразумевался Биргу, куда, подавив эмоции, направил войско Мустафа-паша.
Огромная турецкая армия охватила ставку главы ордена плотным кольцом, направив жерла пушек на последний рубеж вражеской обороны. После многодневного обстрела турки атаковали цитадель с моря и суши, всюду встречая яростный огонь. Нескольким десяткам рыцарей удалось вплавь добраться до кораблей противника и уничтожить охрану. Чувствуя поражение, Мустафа-паша направил 10 галеонов в обход основных укреплений, к слабо защищенным участкам форта Сан-Анжело. В случае удачи исход битвы мог бы оказаться иным, однако здесь турок встретила батарея под командованием храброго француза де Гираля. Подпустив суда ближе, он скомандовал залп из всех орудий, прекратив существование 9 кораблей и тысячи воинов султанской гвардии.