Сложные для того времени операции проводились в двух хирургических палатах.
Отличаясь пристрастием к порядку, госпитальеры требовали того же от больных, поэтому при обходе им, как и служащим, полагалось быть на своих местах. Написанные крупным шрифтом правила внутреннего распорядка развешивались на видных местах. Ко всем, кто не хотел подчиняться больничным законам, то есть шумел, играл в карты или шахматы, принимались строгие меры, вплоть до изгнания. С целью соблюдения чистоты еда и питье подавались больным в серебряной посуде, что не касалось преступников и рабов, которым приходилось довольствоваться оловянной.
Мальтийский госпиталь снабжался белым и красным вином с Сицилии. Больным разносили еду дважды в день, предлагая куриный бульон, травы, рис, мясо голубей, говядину, телятину, дичь, яйца, молоко, печенье, хлеб и, конечно, фрукты. Подкидышей кормили козьим и ослиным молоком, сывороткой. Установленная для каждого диета зависела от состояния больного. По старой традиции пациенты получали намного лучшую пищу, чем обслуживающий персонал. Только в редких случаях, например когда кавалер заболевал или начинал терять силы, великий магистр лично выдавал разрешение временно кормить его более обильной гостевой едой. Справедливости ради стоит заметить, что рыцари исполняли свой долг по отношению к больным неохотно, считая госпитальную повинность утомительным и очень неприятным занятием.
История орденского странноприимного дома завершилась в 1798 году, когда Валлетта почти без боя сдалась армии Наполеона. После того как рыцари покинули остров, госпиталь был преобразован в обычную больницу и в таком качестве существовал до начала следующего века, когда Мальта стала британской колонией. Незадолго до того именно здесь хирург Дэвид Брюс сделал полезное открытие, обнаружив возбудителя средиземноморской лихорадки в селезенке человека.