По окончании Первой мировой войны Большой госпиталь утратил медицинское значение и со временем превратился в музей.
В пору частых столкновений с турками орденские медики специализировались на травмах. Тогда открытые раны заливали кипящим маслом бузины или прижигали с помощью раскаленного железного прута. Позже на смену варварским приемам пришел метод французского полевого хирурга Амбруаза Паре, лечившего подобные травмы смесью яичного желтка, розового масла и скипидара. Его пациенты поправлялись быстрее и не испытывали сильных болей. В свое время его методику применяли мальтийские врачи. Помимо операций, хирургам вменялись в обязанности проверка вина для перевязок, лечение пациентов с венерическими заболеваниями, наблюдение за рыцарями, не пожелавшими ложиться в больницу. Неотложную помощь оказывал медбрат – помощник хирурга, остававшийся на ночь в госпитале. Опытным докторам помогали проходившие стажировку полевые цирюльники, – так в Средневековье именовали военных хирургов.
Всем поступавшим в госпиталь надлежало составить завещание обязательно в присутствии настоятеля и двух свидетелей. Среди прочих условий в документе имелась запись о том, что пациент выделяет определенную сумму денег на проведение заупокойных месс и отпущение грехов. При обычных обстоятельствах покойников хоронили на больничном кладбище. После 1676 года, с развитием анатомии и выходом соответствующих указов, мертвые тела начали вскрывать, а изучение этой ранее запрещенной науки для каждого врача являлось обязанностью. Тогда же в Сакра инфермерия открылась кафедра анатомии и хирургии, которую возглавил молодой врач, кавалер Джузеппе Заммит, бывший личным врачом пяти великих магистров.
Примерно через полвека на средства ордена в Италии стажировался Габриель Хенин, после того назначенный руководителем кафедры анатомии и хирургии.