Рыцарь, управляющий этим подразделением, носил титул командора. Группы командорств именовались бальяжами, а те составляли приорства и великие приорства, объединенные в соответствующие нации. Командорства могли сдаваться в аренду с целью получения налога за пользование землей – респонсии.
Великий магистр избирался пожизненно, имел решающий голос во всех орденских делах, осуществлял назначения на должности, присваивал почетные звания. Обладая широкими правами, он отчитывался в своих действиях только папе, хотя не мог не считаться с решениями Священного капитула (конвента). Утвержденные им законы и рекомендации исходили из положений католического права. Древние правила дополнялись или упразднялись в зависимости от условий, вслед за какими-то событиями либо в связи с обстоятельствами. Со сменой эпох изменялись взаимоотношения ордена с другими государствами и организациями. Не вечными оказались и дарованные папами привилегии, которых за долгую историю братства накопилось немало.
Гроссмейстеру разрешалось каждые пять лет выделять командорство кому-нибудь из рыцарей, взимая респонсию и самовольно распоряжаясь полученными деньгами. Исполнительную власть в ордене осуществлял подчиненный капитулу совет, состоящий из великого магистра, столпов (глав языков), приоров и бальи. Носители всех этих титулов были кавалерами Большого креста. В отличие от малого, серебряного, полагавшегося каждому посвященному рыцарю, он был золотым и носился на цепи из того же металла или на черной ленте. Над Большим крестом обычно располагались дополнительные символы, например золотая корона и родовой герб. С середины XVII века серебро в малых крестах заменила белая эмаль, а углы стали украшаться рисунками, преимущественно с изображением лилий.
К посвящению в рыцари допускались только члены утвержденных языков.