Прежде чем начать подготовку к вступлению в братство, кандидат вносил в казну пассаджо, как в Средневековье называли сумму, которую рыцарь получал от паломника за охрану на пути в Иерусалим. Приезжая на Мальту 12-летним подростком, будущий иоаннит три года служил пажом гроссмейстера, а затем возвращался домой. Отметив 16-летие, он вновь прибывал на остров, чтобы в течение двух лет постигать премудрости бытия госпитальеров. Когда испытательный срок заканчивался, кандидат навещал семью и заодно успевал послужить в свите своего короля. Вместе с благоприятным отзывом о службе он обретал надежду на вступление в Мальтийский орден. Церемония посвящения проходила в Валлетте, в церкви приорства, и всегда начиналась с отпущения грехов. Держа в руке горящую свечу как символ благочестия, посвящаемый слушал мессу, затем приводился к причастию, отвечая на вопросы о наличии жены, долгах, доказывал, что не является рабом. Если ответы не вызывали сомнения, священник провозглашал юного рыцаря «служителем господ бедных и больных», а затем возлагал на его плечи красную мантию с восьмиконечным мальтийским крестом.
Наибольшими преимуществами в организации обладали так называемые рыцари по праву, занимавшие самые высокие должности. Перед вступлением в орден каждый из них доказывал свое благородное происхождение по 8 поколениям. Вдвое больше голубой крови требовалось от немцев и вдвое меньше – от испанцев и итальянцев.
Рыцарями по милости становились простолюдины, принятые в организацию в виде исключения за ратные подвиги. В то время как орденские священники (капелланы) занимались духовными делами, менее почетную, военную, службу несли оруженосцы (позже донаты), а еще более низменные обязанности лежали на плечах братьев-хозяйственников. Донатов отличал одноименный знак в виде полукреста без верхней ветви. В мальтийский период членами ордена также являлись рыцари благочестия, от которых не требовались монашеские обеты. Кресты благочестия нередко вручались женщинам.