Торговля возобновилась; продолжались сношения с Константинополем, но преимущественно с кафинским султаном-наместником; отправляя к последнему посла Андрея Кутузова в 1501 году, Иоанн дал ему такой наказ: «Если кто-нибудь ему в Кафе скажет: «Почему государь твой к отцу нашего государя пишет в грамоте свое имя наперед?», то он должен отвечать: «Когда государь наш писал первую грамоту к султану Баязету, то почтил его, написал его имя прежде своего; но Баязет-султан вместо того, чтобы точно так же почтить его, написал свое имя прежде имени государя нашего; после этого государю нашему для чего писать его имя прежде своего?» Жалобы русских купцов на турецкое правосудие и разного рода притеснения возобновились; когда в 1501 году приехал в Москву кафинский посол Алакозь, то великий князь велел сказать ему: «Били мне челом наши гости, говорят, что им сила чинится в суде и в иных делах в Кафе: чего станет искать русин на бусурманине, или кто из русских умрет, и если при этом у русских не будет свидетеля-бусурманина, то, сколько бы ни было свидетелей русских, судьи им не верят и русинов обвиняют в суде и в зауморках (в иске имущества, остававшегося после умерших). Если же чего станет искать бусурманин на русине и пошлется на русина, то тут и русак - свидетель. Потом новые притеснения: берут пошлину с оружия, которое русские купцы на себе привозят, с платья, с пистолей, с корму; заставляют русских купцов на султановом дворе дрова носить из корабля». Алакозь отвечал, что относительно пошлин с оружия и прочего купцы обманывают: в таможне скажут, что оружие привезли для собственного употребления, но только что выйдут из таможни, то начнут продавать; дрова же заставили их возить без султанова ведома, и вперед того не будет. Иоанн посылал также к султану жаловаться на разбои азовских козаков, от которых сильно страдали наши послы и купцы.
Этим ограничивались сношения с Турциею. Из других восточных народов московское правительство при Иоанне сносилось с ордою Тюменскою и союзными ей ногаями. Предметом сношений были дела казанские, ордынские, торговые.