Инквизиторами были назначены доминиканцы Хуан деСан Мартин и Мигель де Морильо, а помощником их—Хуан Руис де Медина. Это новое учреждение сразу же начало применять по отношению к еретикам традиционные методы преследования и наказания.
Когда начались доносы, множество обращенных Севильи и другиж: близлежащих городов (например, Хереса) обратились в бегство, опасаясь, обвинения в ереси. Было издано распоряжение о задержании и конфискации имущества этих «весьма подозрительных» лиц, причем тогда обнаружилось, что знать покровительствует обращенным. Об этом свидетельствует один приказ (от 2 января 1481 г.), разосланный инквизиторами маркизу Кадисскому и всем герцогам, маркизам, графам и рыцарям Кастилии в чьих поместьях и владениях укрывались беглецы. Однако в Севилье их осталось еще много, так как задержанные (среди которых были городские присяжные, баккалавры и законоведы) заполнили монастырь Сан Пабло, приспособленный под тюрьму, и замок Триану. 6 февраля 1481 г. состоялось первое аутодафе. Шестнадцать преступников были сожжены на костре. По свидетельству одного современника (Бернальдеса), за восемь лет трибунал Севильи осудил на казнь 700 и приговорил к пожизненному заключению или к суровым наказаниям 5 тыс. человек.
Уже из первых указов королей явствует, что хотя основное внимание инквизиции направлено было на иудействующих, но ве ведении оказались также еретические действия любого рода. При реформе кастильской инквизиции Сикст IV (1482 г.) ясно указал на подобное расширение ее функций, результаты которого в отношении морисков уже отмечались. Несомненно, преследование обращенных оказало влияние на положение и на конечную судьбу евреев. И не без оснований один современный историк сказал, что «преследования инквизиции распаляли враждебные чувства к евреям и ускорили их изгнание».
Бесспорно, что рвение инквизиторов было в ряде случаев чрезмерным! и задевало невиновных, доказательством чего может служить факт возбуждения дела против самого Эрнандо де Талаверы, а также жалобы на суровость, кастильских инквизиторов, которые подавались в первые годы существования трибунала папе.