Папа не давал своей санкции на этот акт до 7 апреля 1482 г. и приостановил действие указа короля 10 октября того же года. Король поспешил уволить, с согласия папы, инквизитора Арагона Хуана Кристоваля де Гальвеса, который в царствование Хуана II проявил себя как сторонник принца Дианы и враг королевы, матери Фердинанда. После утверждения нового устава инквизиции в 1483 г. и после реформы этого трибунала в Кастилии кастильской инквизиции была передана (1485 г.) юрисдикция над арагонским королевством. 6 февраля 1487 г. Торкемаде было разрешено назначить особого инквизитора для города и диоцеза Барселоны и сместить тех инквизиторов в Арагоне, Валенсии и Каталонии, которые были назначены ранее.
Но это новое учреждение столкнулось в своей деятельности с серьезными затруднениями. Во-первых, его практика не соответствовала традиционным для Арагона и Каталонии формам расследования; во-вторых, местные инквизиторы лишены были прав юрисдикции; в-третьих, новые должностные лица проявляли чрезмерную суровость в своей деятельности и злоупотребляли данной им властью, причем делали это в весьма демонстративной форме. В Сарагосе дело дошло до восстания (как раньше в Кордове против инквизитора Люсеро); арагонский инквизитор Педро Арбуэс был убит. Подозревали, что в этом деле замешаны не только обращенные, но и такие высокопоставленные лица, как вице-канцлер Альфонсоде ла Кавальериа, которого папа освободил от подсудности инквизиции по бреве 1488 г. В Барселоне советники пытались воспротивиться учреждению инквизиционного трибунала (1484 г.). В ответ на требования короля городской совет заявил протест, ссылаясь на то, что в Барселоне нет ни евреев, ни мавров; в своей петиции барселонцы отмечали, что «все напуганы слухами, которые распространяются о казнях и процессах, происходящих в Кастилии», и что «если жизнь еще теплится в городе, то он обязан этим лишь скудной торговле, которую ведут упомянутые обращенные; им принадлежит львиная доля капиталов, которыми располагает город; только благодаря их торговле кораллами, шерстяными тканями, кожами и другими товарами существуют многие ремесленники; к тому же незадолго до этого, опасаясь, что инквизиция в Барселоне будет действовать столь же сурово, как в Валенсии, Сарагосе и других городах, большинство из них, и в том числе самые богатые, задумали уехать, и многие уже отправились в Пер-пиньян, Авиньон и в другие места, отъезд же остальных повлечет за собой окончательное разорение и гибель этого города».