Энкомьенда и была тем компромиссом, посредством которого короли, сохранив за собой преимущественное право на выжимание соков из коренного населения, удовлетворили аппетиты рыцарей первоначального накопления. Сущность этого института такова: корона передавала своих «свободных» вассалов-индейцев на началах кратко- или долгосрочной аренды кастильским завоевателям, вверяя им заботу о христианизации этих «коснеющих в язычестве» людей. В воздаяние вверяемые попечениям «патронов» индейцы должны были обрабатывать господские поля и отбывать иные барщинные повинности. Такой патронат волков над овцами укоренился уже в первое десятилетие XVI в. Одновременно шло массовое истребление индейского населения. Истреблялись и обращались в рабство не только караибы, миф о людоедстве которых послужил для короны и колонистов «законным» предлогом для искоренения массы индейских племен на Малых Антильских островах и на берегах южноамериканского материка; начиная с 1494 г. систематически предпринимались крупные и мелкие карательные экспедиции на всех без исключения землях, открытых испанцами.
Итоги первого двадцатилетия были таковы: на Антильских островах миллионное-население свелось к жалкой двадцатитысячной горсти затравленных индейцев, сохранившихся в лесах и в горах. Сотни тысяч коренных жителей новооткрытых земель, были истреблены, не меньшее число их погибло от изнурительного труда в рудниках; и на плантациях более быстро и прямо, применив тот способ, которым католические короли покончили с гражданской анархией. Он обследовал монастыри своего ордена (францисканские), изгоняя при этом строптивых, беспощадно наказывая провинившихся; аббата монастыря Св. Духа в Сеговии он велел схватить и заключить в тюрьму. Дело дошло до того, что 400 монахов предпочли уехать в Африку и перейти в мусульманство. Но Сиснерос, поддерживаемый королями, не прекратил своей кампании по чистке, которую, по просьбе испанских королей, одобрил папа. Такой же реформе подверглись и другие ордена: доминиканцев, кармелитов, августинцев и т. д. Королева Изабелла приняла непосредственное участие в реформе белого духовенства.