После ареста обвиняемого полностью изолировали, запрещая сообщать о нем сведения его семье, которая узнавала о судьбе заключенного только после его освобождения или же в тот момент, когда он появлялся на аутодафе. Такой же тайной было окружена и процедура обвинения: обвиняемому сообщалось только содержание обвинительного заключения, но не имя обвинителя. Не оглашались имена свидетелей, причем принимались меры, чтобы обвиняемый по форме показаний не опознал их. Обвиняемому лишь предоставлялось право перечислить лиц, к показаниям которых он не питает доверия; если названное имя совпадало с именем любого из доносчиков, то трибунал отводил это лицо. Наконец, требовалось сохранение строжайшей тайны в отношении всей судебной процедуры, причем то же требование предъявлялось и отпускаемым на свободу обвиняемым. Свидетели были двух родов: обвинения (de cargo) и защиты (de abono). Обращенные не имели права быть свидетелями защиты. Показания двух свидетелей обвинения перевешивали все оправдательные доводы обвиняемого. Помимо личного признания от обвиняемого требовали указания сообщников, включая самых близких родственников, на которых именно из-за их родственной связи и падали наибольшие подозрения.
Обвиняемый имел право избрать себе защитника, отвергнуть судей, пристрастного отношения которых он опасался; ему разрешалось обращаться к судьям с заявлениями в письменной форме и апеллировать к папе. В первые годы существования инквизиции апелляции были весьма многочисленны, что весьма беспокоило Фердинанда и Изабеллу. Совещания между обвиняемым и его защитником должны были обязательно происходить в присутствии члена трибунала. Инквизиция имела собственные тюрьмы; случалось, что вследствие обилия обвиняемых процессы откладывались до бесконечности.
Первоначально юрисдикция инквизиции распространялась только на еретиков и главным образом на обращенных евреев.