Вскоре инквизиции стали подсудны и обращенные мусульмане. Но так как те и другие могли иметь сообщниками «старых христиан» или же состоять с ними в родственных отношениях (что имело место в деле епископа Талаверы), да кроме того и христиане могли быть обвиненными в ереси, то инквизиция распространила свою компетенцию решительно на все население страны, привлекая к суду даже некрещеных, хотя и нельзя было рассматривать их как еретиков. Система наказаний, применяемых инквизицией, соответствовала как традициям канонического права, так и нормам светского законодательства.
Меры наказания были следующие: публичное или тайное примирение; эпитимии различной строгости; передача под надзор трибунала; постоянное или временное ношение особой одежды—желтой туники с красным крестом—санбенито; заключение, пожизненное или на определенный срок; сожжение на костре; когда присуждался к сожжению заочно обвиненный, испепелялось на костре его изображение. Если обвиняемый умирал до суда, то инквизиция могла вырыть и сжечь его останки. Специальной привилегией (что явствует из булл 1485 и 1486 гг.) королям Арагона и Кастилии разрешалось применять тайное примирение с церковью как по отношению к привлеченным к суду инквизиции при жизни, так и по отношению к посмертно обвиненным. При процедуре тайного примирения, которой подвергались многие обращенные, должны были присутствовать инквизиторы, которые обязаны были свидетельствовать любые акты «тайного примирения по привилегии».
Не следует смешивать аутодафе с приведением в исполнение приговоров: это были два различных акта. Первый состоял в торжественном объявлении вердикта инквизиции. Обычно в день какого-нибудь религиозного праздника учинялась процессия, в которой принимали участие судьи и чиновники (familiares) инквизиции, кавалеры духовно-рыцарских орденов и осужденные, облаченные в санбенито. По прибытии на одну из городских площадей, назначенную для данной церемонии, на которой был воздвигнут помост, зачитывались приговоры, произносились формулы отречения и совершались акты публичных примирений; затем освобожденные и приговоренные к смерти передавались в руки светской власти.