Примерно через год (6 января 1535 г.) Писарро основал город Сьюдад де лос Рейес, позже получивший название Лимы.
Альмагро продолжал захватывать земли далее к югу (Чили), куда он проник по долине Копьяпо после изнурительного героического перехода через Анды, во время которого солдаты Альмагро много раз находились на краю гибели (1536 г.). Достигнув реки Мауле и не обнаружив никаких богатств, Альмагро вернулся в Перу. Здесь он получил известие о своем назначении на пост наместника южных областей, граница которых проходила по линии, расположенной в 270 лигах к югу от реки Сантьяго. Альмагро, претендовавший на включение Куско в подведомственную ему территорию (на что он не имел оснований), силой овладел им, захватив при этом в плен двух братьев Франсиско Писарро. Между Писарро и Альмагро началась междоусобная война, в результате которой войска Альмагро были разбиты, а он сам захвачен в плен и четвертован. Однако война на этом не кончилась. Ее продолжал сын Альмагро, сумевший в июле 1541 г. убить Писарро. Для прекращения междоусобицы и наказания виновных обеих сторон королю пришлось прислать в качестве своего алькальда Вака де Кастро.
Через несколько лет (1544 г.) под руководством Гонсало Писарро вспыхнуло новое восстание. Причиной его явился вопрос об обращении с туземным населением. Вице-король Бласко Нуньес де Вела был побежден и убит (1546 г.). Пришлось назначить нового вице-короля, Ла Гаску, и отправить войска для усмирения восставших. Гонсало Писарро был приговорен к смертной казни.
В то время как велась кровопролитная борьба между двумя враждующими партиями, другой испанец—Педро де Вальдивия—возобновил покорение Чили, начатое Альмагро. Отправившись из Перу в 1540 г., он с боями достиг реки Мапочо, на берегу которой (к западу от горы Муэлен) основал город Сантьяго (12 февраля 1541 г.), создав для его управления городской совет.