Война быстро закончилась победой императорских войск, разгромивших протестантов в битве при Мюльберге (1547 г.). Быстрой победе Карла способствовали нерешительность и ошибки военных вождей лиги. Во главе императорских войск стоял герцог Альба, который вскоре приобрел большую известность в качестве правителя Нидерландов.
Усмирив немецких князей, Карл провел некоторые, реформы в области политической организации империи (здесь мы говорить о них не будем), а для разрешения церковного вопроса он выдвинул условия, в которых, правда, делались некоторые уступки реформистам, но в основном все сводилось к подчинению протестантов Римской церкви. Князья отвергли подобные условия. Религиозные проблемы были разрешены лишь в результате новой войны (в ходе которой Карл был разбит под Инсбруком войсками своего недавнего союзника князя Морица Саксонского, ставшего защитником протестантов и союзником французского короля; при этом сам Карл едва не попал в плен). Война закончилась подписанием мирного договора в Пассау, ратифицированного на Аугсбургском сейме (25 сентября 1555 г.), по которому протестанты получили равные права с католиками.
Вопрос об императорском наследстве. Отречение Карла. Политика Карла потерпела крах не только в церковном вопросе, но и в ряде других вопросов, представлявших для него особый, личный интерес.
В 1531 г. Карл провел избрание римским королем своего брата Фердинанда, передав ему, сверх того, феодальную инвеституру на австрийские владения. Казалось, что это означает подготовку к избранию Фердинанда императором. Но затем Карл изменил свое решение и предпочел кандидатуру своего сына, принца Филиппа (хотя у Фердинанда был тоже сын, Максимилиан, ровесник Филиппа). Максимилиана Карл послал в Испанию в качестве вице-короля или временного наместника, считая, что удаление его из Германии облегчит проведение в жизнь намеченных планов.